1979年4月13日，广东省环境保护科研所与省环境保护监测中心站分开设立，两单位编制各为五十名。

    1984年10月13日, 广东省环境保护研究所正式更名为城乡建设环境保护部华南环境科学研究所,实行部、省级双重领导，以部为主的领导体制。

    1984年11月1日，原广东省环境保护研究所和省环境保护监测中心站正式分开设立，发展规模为事业编制一百八十人。

    1988年10月21日，“城乡建设环境保护部华南环境科学研究所”改名为“国家环境保护局华南环境科学研究所”。原城乡建设环境保护部撤销，国家环境保护局已改为国务院直属局。

    1998年12月11日,“国家环境保护局华南环境科学研究所”升级为“国家环境保护总局华南环境科学研究所”。原国家环境保护局改为国务院直属总局。

    2002年6月10日，华南环境保护督查中心挂牌成立，中心业务工作受国家环保总局环境应急与事故调查中心（环境监察办公室）的指导，中心主任由华南环科所所长兼任，中心人员主要从华南环科所现有工作人员中选聘。

    2003年12月4日，国家环境保护总局华南环境科学研究所定性为非营利性科研机构。