学科领域1：特大城市和城市群环境问题研究领域。包括：城市环境规划技术与方法研究；城市环境与经济协调发展研究；城市区域污染物迁移转化规律研究；城市生态稳定原理与调控机理研究；城市复合污染防治方法研究；城市环境污染与人体健康研究等。

学科领域2：环境污染事故应急与信息技术研究。包括：环境污染事故应急机制、政策、方法及技术规范研究；污染事故信息与预警体系研究；污染源管理与异动跟踪报警体系研究；污染事故应急处理技术研究；现代环境信息技术与自动监控技术研究；信息共享与公众参与的政策、方法、技术规范与标准研究；数字环保技术研究等。

学科领域3：城市生态环境研究。包括：城市生态系统的结构与功能研究，城市建设的功能组团与景观设计方法、城市绿地体系建设与自然绿岛维护研究，城市热岛效应与城市布局研究，生态城市建设的理论、指标体系与技术方法、城市可持续发展的理论研究、人工生态系统及生态工程处理技术研究。

学科领域4：近岸海域污染与控制研究。包括：海岸带水污染特征、形成及演化过程研究；近岸海域环境水质模拟与模型研究；海上流动源污染与控制研究；沿海养殖污染与控制研究；近岸海域生态环境监测与监控技术研究等。

学科领域5：近岸海域生态环境保护研究。包括：海岸带及近岸海域生物多样性保护研究；红树林、海草、湿地、珊瑚礁保护研究；近岸海域水体富营养化及防治技术研究。

学科领域6：复杂水环境模拟及预测研究。包括：河网、河口与流域水质模拟与模型研究；流域污染及防治机理技术研究；区域水质管理与可持续发展研究；跨区域复合污染综合防治与管理研究等。

学科领域7：低耗高效污水处理方法研究。包括：污水处理技术研究开发；废水资源化及节水技术研究；生态工程处理技术及应用研究；污泥处理技术研究开发；污水回用技术研究开发；水污染治理技术评估、集成研究；环境工程设计、施工、运行规范研究等。

学科领域8：空气质量检测与控制技术研究。包括：环境空气质量检测技术研究；工业废气（烟气，无机、有机废气）治理技术研究与开发；室内空气污染与恶臭等废气治理技术研究与开发；有害细粒子（烟尘等）治理技术研究开发；有害重金属（汞等）治理技术研究与开发等。