发达地区环境研究中心：

主要职责：特大城市和城市群环境问题研究。包括：城市环境规划技术与方法研究；城市环境与经济协调发展研究；城市区域污染物迁移转化规律研究；城市生态稳定原理与调控机理研究；城市复合污染防治方法研究；城市环境污染与人体健康研究等。环境污染事故应急与信息技术研究。包括：环境污染事故应急机制、政策、方法及技术规范研究；污染事故信息与预警体系研究；污染源管理与异动跟踪报警体系研究；污染事故应急处理技术研究；现代环境信息技术与自动监控技术研究；信息共享与公众参与的政策、方法、技术规范与标准研究；数字环保技术研究等。城市人工生态环境研究。包括：城市生态稳定机理及修复技术研究；污染物人工生态处理技术研究；环境污染对人群健康作用机理与防护原理研究；微环境质量与人群健康研究。

负责人：彭晓春

近岸海域环境研究中心：

主要职责： 近岸海域与河口污染控制研究，包括：海岸带水污染特征、形成及演化过程研究，海上流动源污染与控制研究，沿海养殖污染与控制研究，海相一陆相环境交互作用研究，河口与海岸区沉积动力与水动力研究，近岸海域生态环境监测与监控技术研究等。 近岸海域与河口生态环境保护研究，包括：海岸带及近岸海域生物多样性保护研究，红树林、海草、湿地、珊湖礁保护研究，近岸海域水体富营养化及防治技术研究等。

负责人：郭振仁(兼）

环境模拟与污染控制研究中心:

主要职责： 复杂水环境模拟及预测研究，包括：河网、河口、流域水质模拟与模型研究，流域污染及防治机理技术研究，区域水质管理与可持续发展研究，跨区域复合污染综合防治与管理研究等。 低耗高效污水处理与资源化研究，包括：污水处理技术研究开发，生态工程处理技术及应用研究，污泥处理技术研究开发，污水回用技术研究开发；废水资源化的新工艺、新技术、新材料研究；节水技术、材料、工艺、政策研究。 空气污染治理技术研究，包括：工业废气(烟气，无机、有机废气)治理技术研究开发，环境废气(室内空气，恶臭废气等)治理技术研究开发，有害细粒子(烟尘等)治理技术研究开发，有害重金属(汞等)治理技术研究开发等。

负责人：曾凡棠

环境咨询研究中心:

主要职责： 为国家和地方政府提供环境管理和环境技术咨询服务，承担总局下放的技术性管理职能。内设环境规划咨询室、科研成果转化室、环境技术评估室、循环经济咨询室、环境管理咨询室等5个业务室。为国家和地方政府提供环境规划咨询，各种环境技术文件评估，为环境知识创新科研成果提供评估和成果转化，承担国家环境资源的调查、评估和管理任务，对环境保护战略、政策以及法规的实施效果进行评估和提出建议。在咨询类企业建立并完善之前，环境咨询技术中心同时继续承担横向课题。

负责人：谢文彰、张玉环、梁明易

环境工程技术中心:

主要职责： 为国家和地方政府提供环境工程技术咨询与管理服务，承担总局下放的工程技术性管理职能。中心拟设清洁生产与最佳实用技术室、工程技术与资质评估室、产业标准与政策室、技术规范与指南室和工程咨询室等5个业务室。为国家和地方政府提供清洁生产工艺与最佳实用工程技术咨询服务，编制环境工程及行业标准、规范和产业政策，环境工程技术文件评估及相关资质评估与管理，制订行业技术规范、导则与指南。在工程类企业建立并完善之前，环境工程技术中心同时继续承担市场工程类开发业务。

负责人：岑超平、谌建宇

二恶英监测中心（环境监测中心）:

主要职责： 为国家提供污染源与环境质量监督性监测、承担环境质量调查与科学研究中微量与痕量污染物分析、面向社会提供微量与痕量污染物测试分析服务。下设无机分析室、有机分析室、痕量分析室。

负责人：方建德