办公室(人事处):

主要职能：(人事处，纪检、监察办公室) 负责机要、文秘、保卫、人事调配、奖惩、培训、任免、工资、社会保险职称评审、党务、精神文明建设、宣传教育、 纪律、监察、审计、离退休干部、职工福利、计划生育等工作。 保卫科、财务科作为所的在编机构，列入办公室的行政编制序列。财务科的业务由所长直接管理。

负责人：刘晓文 、张运欣、肖树林

科研处:

主要职能：科研管理，组织科研立项，负责科研过程与经费管理，科研效果评估与成果管理；科研条件管理，编制科研条件建设计划，组织实施仪器设备采购，负责仪器设备调配；科技外事管理；图书、档案与科研信息管理，科研动态跟踪，外网与局域网络管理；知识产权管理；组织学术活动(含学术交流会、学术出版)。

负责人：林 奎

开发处:

主要职能： 负责市场动态、技术和市场关系以及外协费管理；产品质量控制(以学术技术委员会或拟设置的总工办名义承办)；统一组织市场开发。 负责污染控制工程中心的筹建；策划所市场业务的企业化运作和企业化投资。

负责人：董林、温勇